De acuerdo con la definición contenida en la Ley de Puertos del Estado y Marina Mercante (Ley 48/2003 del 26/11/2003), las Autoridades Portuarias son organismos públicos, con personalidad jurídica y patrimonio propios, así como con plena capacidad de obra, y se regirán por su legislación específica, por las disposiciones de la ley general presupuestaria que le sean de aplicación, y supletoriamente, por la ley 6/1997 de 14 de abril, de organización y funcionamiento de la administración general del estado.

Los órganos que intervienen en el funcionamiento de la Autoridad Portuaria de Cartagena son:

• Organos de gobierno: Consejo de Administración y Presidente.
• Organo de gestión: Director
• Organo de asistencia: Consejo de Navegación y Puerto.

• La prestación de los servicios portuarios generales y la autorización y control de los servicios portuarios básicos para lograr que se desarrolllen en condiciones optimas de eficacia, economía, productividad y seguridad, sin prejuicio de la competencia de otras autoridades.
• Ordenación de la zona de servicio del puerto y de los usos portuarios.
• Planificación, proyecto, construcción, conservación y explotación de las obras y servicios del puerto y de las señales marítimas.
• Gestión del dominio público portuario y de las señales marítimas.
• Optimización de la gestión económica y rentabilización del patrimonio y recursos del puerto.
• Fomento de actividades industriales y comerciales relacionadas con el tráfico marítimo o portuario.
• Coordinación de las operaciones de las distintas modalidades de transporte en el espacio portuario.

• Aprobar los presupuestos de explotación y capital de la Autoridad Portuaria y su programa de actuación plurianual.
• Gestionar los servicios portuarios generales y los de señalización marítima, autorizar y controlar los servicios portuarios básicos y las operaciones y actividades que requieran su autorización o concesión.
• Coordinación de los órganos y entidades que ejercen sus actividades en el ámbito portuario.
• Ordenación de los usos de la zona de servicio del puerto y planificación y programación de su desarrollo.
• Redacción de los planes especiales de ordenación de la zona de servicio del puerto.
• Proyección y construcción de las obras recogidas en los planes y programas.
• Aprobación técnica de los proyectos de inversión incluídos en los planes.
• Elaboración del reglamento de policía del puerto.
• Controlar, en el ámbito portuario, el cumplimiento de la normativa que afecte a la admisión, manipulación y almacenamiento de mercancías peligrosas, así como el cumplimiento de las obligaciones de actividades establecido en el Art. 24 de la ley 31/1995 de prevención de riesgos laborables, al igual que los sistemas de seguridad y contra incendios, sin prejuicio de las competencias que correspondan a otros órganos de las autoridades públicas y específicamente de las sancionadoras por infracción de la normativa laboral.
• Aprobar libremente las tarifas de los servicios comerciales que se presten, así como proceder a su aplicación y recaudación.
• Otorgamiento de autorizaciones y concesiones, y contratación de prestaciones de servicios portuarios.
• Recaudar las tasas por las concesiones y autorizaciones otorgadas, vigilar el cumplimiento de las cláusulas y condiciones en el acto de otorgamiento, aplicar el régimen sancionador y adoptar cuantas medidas sean necesarias para la protección y adecuada gestión del dominio público portuario.
• Desarrollo de estudios e investigaciones, así como formación de su personal, en materias relacionadas con la actividad portuaria y la protección del medio ambiente.
• Inspección del funcionamiento de las señales marítimas.

La Autoridad Portuaria de Cartagena posee dos órganos de gobierno: El Consejo de Administración y la Presidencia. Entre ambos, se encuentra la figura encargada de la gestión directa: la Dirección.

A partir de esta Dirección, la Autoridad Portuaria se estructura en una serie de Departamentos y Divisiones:

• Área de Infraestructuras y Obras Públicas, se encarga del aspecto más técnico, como es la ejecución y dirección de las obras de equipamientos e infraestructuras, correspondiéndole todo lo relacionado con la gestión, tramitación administrativa, ejecución y control de todas las inversiones comprendidas en el Programa de Inversiones de la Autoridad Portuaria, en lo que no sea competencia de otros Departamentos o Divisiones, como la Secretaría General o el Departamento Económico-Financiero. Para ello cuenta con las siguientes Divisiones:
  • División de Control de Obras: Tramitación administrativa de los proyectos y obras y gestión del archivo, biblioteca técnica y archivo fotográfico de las obras.
  • División de Oficina Técnica: Trabajos de apoyo técnico relacionados con los proyectos y obras del Plan de Inversiones.
• Departamento de Conservación y Mantenimiento, encargado, bajo la dependencia directa del Dpto. Técnico de Infraestructuras y Obras Públicas, tanto del mantenimiento preventivo como correctivo de las instalaciones portuarias y de sus equipos y de la gestión y control de los aprovisionamientos, compras de materiales, adquisiciones, suministros y almacenes.
• Departamento de Planificación, Explotación y Servicios Portuarios, responsable de la buena marcha de todas las operaciones portuarias y de la relación directa con los clientes. Entre sus competencias se encuentran la designación de los atraques y dotaciones, zonas de almacenaje, suministros de servicios a los barcos de las distintas compañías que operan en el puerto, control de la seguridad en el puerto, así como la gestión de la zona de servicio. Para ello, cuenta con las siguientes Divisiones:
  • División de Dominio Público: Responsable de toda la gestión relativa a concesiones y autorizaciones.
  • División de Operaciones Portuarias: Designación de atraques y equipos de manipulación, servicios de vigilancia.
  • División de Seguridad y Medio Ambiente: Plan de Emergencia Interior, prevención de riesgos laborales, solicitudes de admisión de mercancías peligrosas y cualquier cuestión relacionada con la Seguridad y Medio Ambiente del Puerto.
  • División de Planificación: Plan Director, Planes Especiales, estudios relacionados con la planificación portuaria.
• Departamento Económico Financiero, que afronta todas las cuestiones relacionadas con la gestión económica y contable de la empresa. Cuenta para ello con:
  • División de Patrimonio y Control Presupuestario, que realiza, entre otras, las siguientes funciones:
    • Gestión contable y de control presupuestario del inmovilizado material, inmaterial y financiero. Gestión de inventario.
    • Gestión del patrimonio inmobiliario, con actuaciones tendentes a su registro catastral y de la propiedad y elaboración de archivos de control.
    • Control interno del Departamento, efectuando Auditorias y supervisando cumplimiento de normas de procedimiento y obligaciones legales.
    • Gestión de recibos del IBI.
  • Unidad de Contabilidad , que realiza, entre otras, las siguientes funciones:
    • Cumplimentación del sistema de información contable, según lo establecido por el P.G.C. y las normas de Derecho Mercantil y elaboración de los estados financieros.
    • Cumplimentación del sistema de información de Contabilidad de Costes y elaboración de informes.
    • Seguimiento y control del presupuesto anual de gastos.
    • Gestión de tributos.
  • Unidad Financiera , que realiza, entre otras, las siguientes funciones:
    • Gestión de cobros y pagos y su contabilización.
    • Gestión de Tesorería, elaboración de estados y control bancario.
    • Gestión de avales y fianzas.
    • Gestión de Caja.
    • Gestión de clientes.
• Departamento Comercial, encargado de llevar a cabo todas las labores de Marketing, Atención al Cliente, Relaciones Públicas, Comunicación e Imagen. De él depende la Jefatura de Calidad.
• Departamento de Sistemas de la Información y Control de Gestión, responsable de que todos los sistemas informáticos, esenciales para la buena marcha del puerto, funcionen a la perfección. El Área de Control de Gestión se encarga de coordinar la elaboración y seguimiento del Plan de Empresa, así como coordinar la elaboración de la documentación que precisa el C.M.I. (Cuadro de Mandos Integral).
• Departamento de Personal y Recursos Humanos, que gestiona todos los temas relacionados con el personal laboral que presta sus servicios en la Autoridad Portuaria.
• Secretaría General, encargada no sólo de dar respuesta a todas las necesidades jurídicas y legales, sino también de atender la gestión del Registro General y del Archivo.